آسیب‌های زیست‌محیطی طرح انتقال آب
پروژه‌های انتقال آب به طور جدی بر محیط‌زیست بالاخص در حوضه اهداکننده تاثیر می‌گذارند. گونه‌های بشدت در معرض خطر، تالاب‌های فهرست رامسر و مونترو و مناطق حفاظت‌شده از جمله مواردی هستند که می‌توانند تحت‌تاثیر چنین پروژه‌های کلان مقیاسی قرار گیرند. در ایران گونه‌هایی مانند یوز آسیایی که در خوشبینانه‌ترین حالت جمعیت آن ۱۲۰ فرد تخمین زده شده، تالاب‌هایی مانند تالاب بینالمللی و پناهگاه حیاتوحش میانکاله واقع در استان مازندران که در اصل اولین تالاب ثبتشده بینالمللی ایران است و هات‌اسپات البرز (Alborz Range Forest Steppe in Irano-Anatolian Region) جزو مواردی هستند که می‌توانند از پروژه انتقال آب بین‌حوضه‌ای مازندران به سمنان متاثر شوند.
صندوق جهانی طبیعت یادآور می‌شود که حتی زمانی که تنها ۱۰ الی ۱۵ درصد آب از یک حوضه گرفته می‌شود. باز هم این احتمال هست که خشکسالی در دوره‌های کم‌بارش هر دو حوضه را تحت‌تاثیر قرار دهد. برخی از پروژه‌های کلان انتقال آب بین‌حوضه‌ای از جمله در چین، مهاجرت‌های گسترده انسانی را به دنبال داشته‌اند. و این مساله در عین آسیب‌های اقتصادی و اجتماعی، آسیب‌های خاص زیست‌محیطی را نیز به دنبال داشته است. آمارهای جهانی حاکی از آن است که کشاورزان بدون دریافت سوبسیدهای کلان دولتی در مناطق دریافت‌کننده آب به طور متوسط به ازای هر مترمکعب آب نزدیک به یک دلار آمریکا هزینه می‌کنند و خود این مساله باعث می‌شود که محصولات تولیدی آنها در ابعاد محلی گران‌تر از آن چیزی باشد. که در بازارهای جهانی در دسترس است و این بدان معناست که معاش کشاورزان نیز به این شکل می‌تواند با تهدید مواجه شود.
برخی مشکلات دیگر مرتبط با زهکشی
در بسیاری موارد مصرف آب در مناطق دریافت‌کننده یا مقصد پیش از فاز ساخت، مورد ارزیابی درست قرار نمی‌گیرد. و همین مساله باعث می‌شود. که مصرف آب به مرور زمان به شکل ناپایداری ادامه پیدا کند و بالطبع نیاز به مصرف آب روز به روز بیشتر شود. یک نمونه ساده این مساله را می‌توان در بخش کشاورزی سراغ گرفت. تخمین زده شده که بخش کشاورزی ۷۰ درصد مصرف آب موجود جهان را به خود اختصاص داده و هر ساله نزدیک ۶۰ درصد یا ۱.۵۰۰ تریلیون لیتر از آب مصرفی کشاورزی به همین شکل هدر می‌رود.
با این وجود امکان تغییر و بهبود در کشاورزی وجود دارد. بعنوان مثال در مورد کشت پنبه که یکی از پرمصرف‌ترین محصولات کشاورزی در سطح جهان است، با استفاده از سیستم‌های آب‌پاش یا آبیاری قطره‌ای می‌توان به راحتی بیش از ۷۰ درصد در مصرف آب صرفه‌جویی کرد. صندوق جهانی طبیعت در جمع‌بندی خود این مساله را متذکر می‌شود که با اجرای پروژه‌های انتقال آب بین‌حوضه‌ای، انگیزه اجرای چنین طرح‌هایی در عمل کمتر و کم‌رنگ‌تر می‌شود.